Modele de casa mici

L`étude a été réalisée avec l`approbation du Comité d`éthique de l`hôpital “Casa de la Sofferenza”, et le consentement écrit éclairé a été obtenu avant la collecte de sang de donneurs sains, les patients et des parents de patients de moins de 18 ans. Des échantillons sériques de 127 patients atteints d`EIA (61 avec UC et 66 avec CD) ont été recueillis au département de chirurgie et à la Division de gastroentérologie de l`hôpital “Casa de la Sofferenza” de San Giovanni Rotondo (Italie). De plus, des échantillons ont été prélevés sur 45 employés de l`hôpital et les donneurs de sang des bénévoles sans antécédents familiaux d`EIA et ont servi de témoins sains (15 mâles, 30 femelles; âge médian 38,7 ans, fourchette 22 – 60). Chaque patient a reçu un diagnostic confirmé d`EIA basé sur des critères cliniques, endoscopiques, histologiques et radiologiques. 26, 27 la classification de Montréal a été utilisée pour évaluer l`emplacement et le comportement des CD et des UC. 28, 29 au moment de la collecte des échantillons, l`activité de la maladie chez les patients atteints de CD et de UC a été classée selon l`indice Harvey – Bradshaw et le score de Mayo, respectivement. 30, 31 les patients présentant un score d`activité maladie modéré et élevé ont été classés comme ayant une UC et un CD actifs, tandis que la maladie inactive a été définie par un faible score d`activité de la maladie. La démographie, le score d`activité de la maladie et les caractéristiques cliniques des patients sont décrits dans le tableau 1. L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA.

Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32].